Los procesos para la operación del Programa son incorporación, financiamiento, formación continua, acompañamiento, evaluación y comunicación.

Incorporación	Comprende actividades como lanzamiento de convocatoria, inscripción, asesoría y capacitación en el Modelo de Gestión Educativa Estratégica, elaboración y/o actualización del Plan Estratégico de Transformación Escolar/Plan Anual de Trabajo, elaboración de informes de cierre técnico, pedagógico y financiero, diseño de criterios para dictaminar, integración del Comité Dictaminador Estatal y dictaminación.
Financiamiento	Con este proceso se determinan los mecanismos ágiles y transparentes para ejercer los recursos aportados al Programa por los gobiernos federal y estatal para financiar los planes estratégicos de las escuelas públicas beneficiadas.
Formación continua	Comprende acciones de formación, seguimiento y evaluación para fortalecer la gestión educativa.
Acompañamiento	Consiste en brindar asesoría y seguimiento en el desarrollo de procesos inherentes a la operación del Programa.
Evaluación	Para valorar la mejora de la gestión educativa, se realiza una autoevaluación inicial, una evaluación continua y final del Estratégico de Transformación Escolar/Plan Anual de Trabajo.
Comunicación	Se impulsan mecanismos de comunicación inter e intrainstitucional, intergubernamental, así como con instituciones privadas y de la sociedad civil, con la finalidad de fortalecer la cooperación, el diálogo y la articulación de acciones que favorezcan la mejora de la gestión educativa en las escuelas beneficiadas.

Distribución de recursos

La Secretaría de Educación Pública mediante el fideicomiso Fondo Nacional para Escuelas de Calidad, transfiere a las entidades federativas, a través de sus respectivos fideicomisos estatales, los recursos correspondientes, en la proporción que represente su población de 4 a 14 años respecto del total nacional de conformidad a la información vigente del Instituto Nacional de Estadística y Geografía, INEGI.

Por cada peso que aporta el gobierno del estado a su fideicomiso estatal, la SEP aporta tres pesos al mismo (es decir, 3 a 1), teniendo como límite lo que determinen las reglas de operación vigentes en cada ciclo escolar.

Los recursos del PEC son adicionales y complementarios a los que proporcionan los programas federales, estatales y municipales vigentes destinados a la infraestructura y operación de los planteles escolares; en ningún caso sustituyen a los recursos regulares dirigidos a estos fines.

Los recursos del Programa destinados a apoyar a las escuelas beneficiadas son administrados por la SEP, a través del fideicomiso nacional, de la unidad responsable en cada entidad, por medio de su fideicomiso estatal, y de las propias escuelas.